Les conquêtes arabes de la fin du VIIe siècle vont sceller le destin de la ville. A la suite du raid d’Oqba en 681, l’islam se répand dans tout le Maghreb. Les Abbassides vainqueurs des Ommeyades en Orient installent une garnison à Volubilis. En 789, Idris, un descendant d’Ali, le gendre du Prophète, s’enfuit d’Orient pour échapper aux persécutions abbassides. Il s’installe à Volubilis, devenue Oualila en arabe. Les Aouraba, une tribu qui avait trouvé refuge dans la région, le proclament bientôt souverain. La cité et le monastère fortifié de Moulay Idris tout proche servent de base aux conquêtes du souverain, qui fonde ainsi la première dynastie de l’histoire du Maroc. Idris meurt en 791, peut-être empoisonné par un émissaire du Calife Haroun er Rachid. Son fils lui succède sous le nom d’Idris II et crée sa propre capitale à Fès en 808. Dix ans plus tard, Volubilis accueille des Andalous chassés de Cordoue. Ceux-ci s’installent en bordure de l’oued Khoumane, hors de l’enceinte primitive. Les anciens quartiers romains continuent d’être utilisés comme sources de matériaux et nécropoles. Supplantée par Fès, capitale d’Idris II, la ville survit peut-être jusqu’au XIIe siècle avant de disparaître des mémoires.